第17戦マレーシアGPはセパンサーキットでの開催となる。
予選ではD.ペドロサが今季4度目3連続でP.P.を獲得した。一方V.ロッシは初日から予選を通じ、TOP5につけることもできずに苦戦を強いられていた。そして今回、2008年型スズキGSV-Rのシェイクダウンで青木宣篤がワイルドカードでスポット参戦。
迎えた決勝では、A.ウエストが自己最高位5番手にもかかわらず、小排気量クラス6番手グリッドにつけてしまいペナルティを受けることに…またここセパンで、意外にも過去に表彰台の経験が無いというM.メランドリにもアクシデントが。水分補給のためのドリンクホルダーのバルブを誤ってウォーミングアップ中に壊してしまい、ブレーキで水が溢れる状況下での走行となった。レースの主導権を握ったのは、母国の凱旋レースでも勝利したチャンピオンのC.ストーナー。今季ポイントの取りこぼしがここまで一度も無いのはストーナーだけである。2戦連続のP.P.獲得も表彰台を獲得出来なかったペドロサが追う展開となったが…。