第13戦サンマリノGPは、ミサノサーキットでの開催。飛ぶ鳥を落とす勢いのC.ストーナーが4戦連続となるP.P.を獲得するが、地元開催の上、チャンピオンシップでも後がないV.ロッシも2番グリッド、ひさしぶりのフロントロウを確保する。迎えた決勝、スタート直後の2コーナーでR.ド・プニエがD.ペドロサに接触し、リタイアするというアクシデントが発生。二人の直後を走行していたN.ヘイデンもコースアウトし、大きな遅れをとってしまう。一方、見事に先頭を奪ったのはやはりストーナーだった。更にJ.ホプキンス、C.バーミューレンのスズキ勢が続き、ロッシはその後方4番手。ここからドクターの追い上げが始まるのか…。期待が高まったが、レース5周目にロッシの駆るYZR-M1に突然のエンジントラブルが発生。満員の地元観客の前、無念のリタイアとなってしまった。その後、先頭ではストーナーが快調にラップを重ね、後続との差を次第に広げて行く。チームメイトをかわしたバーミューレン、そしてホプキンスと、表彰台圏内の3名は全員単独走行状態でラップを重ねて行く…。